Préchauffer le four à 350 °F (180 °C). Huiler les 12 cavités d’un moule à muffins.
Dans un grand bol, mélanger la farine de blé entier, la farine tout usage, les épices, le bicarbonate de soude, la poudre à pâte et le sel.
Dans un autre bol, fouetter les œufs. Ajouter la purée de citrouille, le yogourt grec, le sirop d’érable, l’huile et la vanille. Mélanger jusqu’à l’obtention d’une préparation homogène.
Verser les ingrédients humides sur les ingrédients secs. Mélanger à la spatule, jusqu’à ce qu’il ne reste presque plus de farine visible.
Répartir la pâte dans les 12 cavités du moule. Parsemer les muffins des graines de citrouille.
Cuire 20 minutes, ou jusqu’à ce qu’un cure-dent inséré au centre d’un muffin en ressorte propre.
Laisser refroidir les muffins dans le moule pendant 5 minutes, puis les transférer sur une grille.